土壤呼吸在一定程度上反映土壤养分转化和供应能力，是土壤生态系统中表征土壤质量和土壤肥力的重要生物学指标。在外界条件不同的情况下，微生物体内与呼吸作用相关的酶活性会产生相应的不同变化，影响土壤呼吸作用。
在室内模拟田间环境条件下测定不同时间内土壤微生物呼吸强度，发现施用适量的草甘膦一周后，土壤呼吸强度增强，说明草甘膦影响土壤微生物的新陈代谢，在一定程度上破坏土壤微生态系统的平衡，但这种影响在16 天后可以恢复，施用剂量越小越容易恢复，剂量越大越难恢复。
土壤生态系统中，土壤酶参与包括土壤生物化学过程在内的自然界物质循环。土壤酶活性可反映土壤中进行的生物化学过程的动向和强度，有助于土壤肥力的形成和提高，同时对土壤生态系统的物质循环具有重要意义，是土壤生态系统的感应器，可准确反映土壤生理———生态变化，预示土壤肥力和土壤的健康状况。研究除草剂对土壤酶活性的影响，通过土壤酶活性变化评价农药施用效果及对土壤环境的影响已成为研究除草剂对土壤生态系统影响常见方法。应用土壤酶作为监测指标，评价除草剂的生态毒理学效应已成为环境科学领域的研究热点问题之一。
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